Chaque village possède son propre Ninjutsu secret, que les meilleurs peuvent apprendre. Leurs secrets sont sévèrement gardés, et ce qui en possèdent on la memoire scellée, pour ne pas les révéler sous la torture d'un autre village par exemple. L'Akatsuki en à elle aussi dévelloppé un à partir du pouvoir des bijus. Voici un tableau des Ninjustus en fonction des villages et de l'Akatsuki.
Konoha : Mokuton (l'art de manipuler les arbres)
Suna : Youngaton (l'art de manipuler la lave)
Kiri : Hyouton (l'art de manipuler la glace)
Oto : Iryoton (l'art de manipuler le climat)
Akatsuki : Yamiton (l'art de manipuler les ténèbres)
Vous pourrez apprendre ces jutsus dans vos villages respectifs, sous la direction de votre sensei. A noter que les Kages possèdent dès le début la totalité de ces jutsus.